小规模纳税人发票超额怎么样免税?

根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人认定有关问题的通知》(国税函〔2008〕1079号)的有关规定，2009年应税销售额超过新标准的小规模纳税人，应当按照《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则的有关规定向主管税务机关申请一般纳税人资格认定，未申请办理一般纳税人认定手续的，应按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。

因此，纳税人发生的全部销售额应按适用税率征收增值税。

一般纳税人资格认定办理期限为20个工作日。